Тәуелсіздік қарсаңында-ақ республиканың жаңа басқару органдарын қалыптастыру мәселесінің өзектілігі мен қажеттілігі сезіле бастады. Алғашында халық депутаттарының жергілікті Кеңестері мемлекеттік биліктің жергілікті жерлердегі басты өкілетті органы деп танылып, олар барлық деңгейдегі өзінің территориялық аумағына қарасты жергілікті өзін-өзі басқару жүйесін біріктіріп, оның қызметін үйлестірді. Артынан олардың атқару және басқарушы органдарын құру құқығын шектеу негізінде Кеңестердің өкілетті билік жүйесі ретіндегі тамырына балта шабылып, олар тарихи сахнадан кетті. Алайда, жергілікті басқару және өзін-өзі басқару органдарының жүйесін жетілдіру проблемасы жергілікті өзін-өзі басқару мәселесін шешетіндей пәрмен ала алмады.
Осыған қарамастан жергілікті билік органдарының құзыреттерін нақтылау мен олардың өзара қарым-қатынастарын реттеуге бағытталған жұмыстар ары қарай жалғастырылды. Дегенмен, халық депутаттарының Кеңесі мен жергілікті әкімшілік органдары іс жүзінде бір-бірінің жұмысын қайталайтындай ахуалды болдырмаудың жолы табыла қоймады. 1995 жылғы Конституциядан кейін жаңа өкілетті орган ретінде мәслихаттар қалыптасып, аймақтық өкілетті және атқарушы органдар жергілікті мемлекеттік басқаруға жатқызылды. Ал жергілікті өзін-өзі басқарудың статусы мәселесі белгісіз мерзімге кейінге қалдырылды. Әуелі 2001 жылы қабылданған «Қазақстан Республикасындағы жергілікті мемлекеттік басқару туралы» заңынан кейін де ол мәселе өз шешімін таппады. Бұл заңда шын мәнінде жергілікті өзін-өзі басқаруды емес, мемлекеттік басқаруды заңдық тұрғыда реттеу проблемасына басымдық берілді.
Бұл мәселелер 2000-жылдары жүргізілген саяси реформалар бір мезгілде барлық билік тармақтары қызметінің тиімділігін арттыруға бағытталып, оның барысында аталмыш мәселе тағы да күн тәртібіне қойылды. Ал егер әкімдерді тікелей сайлау мәселесіне келер болсақ, онда оны Н.Назарбаев алғаш рет 1998 жылы көтерген болатын. Ол бірінші рет Алматы облысының Қаскелен ауданына карасты Шамалған селосында 1999 жылы өткізілді. Бұл сынақ ауыл әкімдерінің бюджеттік дербестігі мен оның өкілеттіктерінің шектеулілігі мәселесінің өзектілігі мен ауыл тұрғындарының әкімдердің тікелей сайлауына дайын еместігін көрсетіп берді. Сондықтан 1999 жылғы тәжірибе сол кездегі билік органдарын оны Қазақстанның басқа аймақтарына тарату жоспарынан бас тартуға мәжбүр етті. Кейіннен заңдар өзгеріске ұшырап бұл деңгейдегі әкімдер аудан әкімі ұсынған 3-4 үміткердің арасынан іріктеліп, басшылықтың шешімімен тағайындалды немесе оларды мәслихат депутаттары және солардың қатарынан шыққан таңдаушылар 4 жылға сайлайтын болды. Сондықтан осы күнге дейін ауыл әкімдерін аудандық мәслихаттардың депутаттары сайлап келді, ал «мәслихаттар аудан әкімінің айтқанынан шықпайды» деген пікір бір толастаған емес. Сарапшылар тарапынан тұрғындары аз ауылдарда әкімдерді тікелей сайлап, ал адам саны жағынан ірі елді мекендерде жанама сайлау өткізген жөн деген ойлар да айтылды. Тіптен, егер жергілікті өзін-өзі басқару енгізілген жағдайда бұл сұрақ өзінен-өзі күн тәртібінен түсер еді деген пікірлер де естіліп жатты. Сонымен қатар халық арасында мәслихаттарды атқарушы биліктің «бір тармағы» деп санауды қолдайтындардың жақтастары да табылды. Осындай қызу талқылаулар мен сынақтардың барысында Қазақстандағы саяси реформаның қарқынын экономикалық өзгерістермен қатар сайланбалықты кеңейту және сайлау заңнамасын жетілдіру, сол сияқты азаматтық қоғам институттарын нығайту сияқты басымдықтар айқындалып, осы бағыттағы жасалатын қадамдар анықталып, саяси реформалар бағдарламасының басты көкжиектері нақтылана түсті. Мемлекеттік басқару жүйесін модернизациялау барысында жергілікті билікті халыққа жақындататындай ахуал туғызу қажеттілігіне көңіл аударыла бастады. Аудан әкімдерін сайлау бойынша да сынақ өткізіліп, сайлау жүйесін жетілдіру бағытында жұмыстар белсенді жүргізілді.
Jsk ақпарат агенттігі